Программа стартует с реабилитации рек Пехорки и Малашки, за два года будет расчищен 21 км рек. С 2017 по 2019 годы планируется реабилитировать Яузу и ее притоки - Сукромку и Борисовку, затем реки Банька (почти 8 км), Пахра (11 км) и Клязьма (13 км). В 2023 году власти планируют расчистить реку Альба в Дмитровском районе.
Выступавший в рамках «часа правительства» министр экологии и природопользования Александр Коган напомнил, что в бюджете всех уровней уже предусмотрены средства на реабилитацию Пехорки и Малашки. По остальным рекам, по его словам, еще предстоит «провести серьезную работу».
Под реабилитацией рек понимается восстановление экосистемы водоема до естественного уровня и безопасного состояния для человека и окружающей среды. Ее этапами являются: расчистка рек, отвод неочищенных стоков, биологическая реабилитация (в том числе, распространение микроводорослей и высадка водных растений).